Nodokļu atvieglojumus piemēro, pamatojoties uz ierakstiem algas nodokļa grāmatiņā. Tādējādi, ja darbinieks algas nodokļa grāmatiņā laikus atzīmējis piemērojamo atvieglojumu, darba devējam ir pienākums to ņemt vērā, aprēķinot budžetā maksājamo iedzīvotāju ienākuma nodokli. Gada laikā darba devējs var pārrēķināt un ieturēt no algas nepareizi aprēķināto nodokli. 

Algas nodokļa grāmatiņa ir dokuments, uz kura pamata darba devējs piemēro nodokļa likmi, neapliekamo minimumu un atvieglojumus. 

Ministru kabineta 2010. gada 21. septembra noteikumu Nr. 899 “Likuma “Par iedzīvotāju ienākuma nodokli” normu piemērošanas kārtība” 96. punkts nosaka: darba devējs, pamatojoties uz fiziskās personas algas nodokļa grāmatiņā izdarītajiem ierakstiem par tiesību uz nodokļa atvieglojumu rašanos vai zušanu, veic taksācijas gada nodokļa pārrēķinu, ja nodokļa atvieglojums nav bijis piemērots par visu laiku no taksācijas gada sākuma līdz taksācijas gada beigām, par kuru personai ir bijušas uz to tiesības, vai ir bijis piemērots par ilgāku laiku, nekā personai ir bijušas uz to tiesības, un ietur papildu aprēķināto nodokli vai atmaksā par daudz ieturēto nodokli nākamajos taksācijas gada mēnešos pēc nodokļa grāmatiņā izdarīto ierakstu par tiesībām uz nodokļa atvieglojumiem aktualizēšanas. 

Likuma “Par iedzīvotāju ienākuma nodokli” 29. pantā (“Darba devēja pienākumi”) noteikts: 

• Darba devēja pienākums ir šajā likumā noteiktajos termiņos un kārtībā:
  • aprēķināt, ieturēt un iemaksāt budžetā algas nodokli no darbiniekam izmaksātajām summām; 
  • informēt darbinieku un Valsts ieņēmumu dienestu par taksācijas gadā darbiniekam izmaksātajām summām un no tām budžetā iemaksāto algas nodokli; 
  • uzglabāt darba samaksas aprēķināšanu un izmaksu apliecinošus dokumentus Grāmatvedības likuma 28. pantā noteikto termiņu; 
  • par iedzīvotāju ienākuma nodokļa summām, kas ieturētas vai aprēķinātas no darbinieku darba ienākuma un iemaksājamas budžetā līdz ienākuma izmaksas mēneša 23. datumam, iesniegt ziņojumu Valsts ieņēmumu dienestam termiņā, kāds darba devējam atbilstoši likumam “Par valsts sociālo apdrošināšanu” ir noteikts ziņojuma iesniegšanai par valsts sociālās apdrošināšanas obligātajām iemaksām. 
• Pārskaitīt (ieskaitīt) budžetā nodokli no darba devēja līdzekļiem, neieturot to no darbinieka, ir aizliegts, izņemot soda sankcijas, kas darba devējam jāmaksā par nodokļu likumu pārkāpumiem, šā likuma 8.¹ un 11.¹¹ pantā noteiktos gadījumus, kā arī veicot nodokļa aprēķina precizējumus gadījumos, kad aprēķinātās nodokļa summas nav iespējams ieturēt no darbinieka vai ienākuma saņēmēja.

Informāciju par saviem darbiniekiem un katram darbiniekam piemērojamajiem nodokļu atvieglojumiem darba devējs var iegūt VID Elektroniskās deklarēšanas sistēmā.