Piesakoties algu subsīdijām, Valsts ieņēmumu dienests pieprasīto atbalstu algu subsīdijai izmaksā piecu darbdienu laikā pēc lēmuma pieņemšanas par atbalsta piešķiršanu, pārskaitot atbalstu uz iesniegumā norādīto darbinieka kontu, un VID EDS paziņo par to iesnieguma iesniedzējam. Darbinieku par atbalsta izmaksu informē darba devējs.

VID tīmekļa vietnē par atbalsta pasākumiem Covid-19 situācijā, ir sniegta informācija par dažādām situācijām.

Valsts atbalsts algu subsīdijai mērķis ir sniegt atbalstu darba devējam darbinieku atlīdzības kompensēšanai, nosakot, ka darba devējam ir pienākums izmaksāt darbiniekam starpību starp saņemtā atbalsta apmēru un darba samaksas apmēru. Proti, atbalsts algu subsīdijai samazina darba devēja saistības pret darbinieku un  darba devējam nerodas izmaksas par algas neto daļu, ko valsts samaksājusi darba ņēmējam. Līdz ar to darba devējs, saņemot  no VID informāciju par darbiniekam izmaksāto algu subsīdijas summu, veic koriģējošos grāmatojumus samazinot sākotnēji uzskaitītās izmaksas peļņas vai zaudējumu aprēķinā (kontrpasīvā postenī, kurā uzrādīta darba alga) un uzskaitītās kreditora saistības pret darba ņēmēju tādā apmērā, kāds ir neizmaksātās algas apjoms.

Situācijā, kad darba devējs izmaksājis darbiniekam visu aprēķināto algu, nevis starpību starp saņemtā atbalsta apmēru un darba samaksas apmēru, izmaksāto neto algas daļu, kas pārsniedz saņemto atbalsta summu, pārgrāmato par aizdevumu darbiniekam un veic korekcijas nākamā perioda algu aprēķinā.