1990. gada 26. septembrī Latvijas Republikas Augstākā Padome pieņēma likumu “Par prokurora uzraudzību Latvijas Republikā”. Līdz ar to tika izveidota Latvijas Republikas prokuratūra par, kuras pirmo ģenerālprokuroru iecēla J.Skrastiņu. Ģenerālprokurora zvērestu J.Skrastiņš nodeva 1994.gada 10.oktobrī, ģenerālprokurora amata pienākumus viņš pildīja no 1990.gada līdz 2000.gadam. Kopumā J.Skrastiņš dažādos prokurora amatos prokuratūrā nostrādāja vairāk kā 25 gadus. Strādājot ģenerālprokurora amatā J.Skrastiņš 1995.gada novembrī tika apbalvots ar III šķiras Triju Zvaigžņu ordeni.
"Šis ir tavs gājums.
To nevar noiet cits."
(O.Vācietis)
Latvijas Republikas prokuratūra izsaka visdziļāko līdzjūtību J.Skrastiņa ģimenei un tuviniekiem, viņu mūžībā pavadot.