Reģistrējot nodokļu maksātāju, tiek prasīts norādīt ziņas par saimnieciskās darbības norēķinu kontiem Latvijas Republikas un ārvalstu kredītiestādēs. Attiecīgi individuālā komersanta konts ir izmantojams arī nodokļu samaksai.

Konti iedzīvotāju ienākuma nodokļa un valsts sociālās apdrošināšanas obligāto iemaksu nomaksai ir norādīti Valsts ieņēmumu dienesta mājaslapā.

IK var kārtot grāmatvedību gan vienkāršā ieraksta sistēmā (Ministru kabineta 2007. gada 20. marta noteikumi Nr. 188 “Kārtība, kādā individuālie komersanti, individuālie uzņēmumi, zemnieku un zvejnieku saimniecības, citas fiziskās personas, kas veic saimniecisko darbību, kārto grāmatvedību vienkāršā ieraksta sistēmā”), gan divkāršā ieraksta sistēmā (MK 2007. gada 8. maija noteikumi Nr. 301 “Noteikumi par individuālo komersantu finanšu pārskatiem”).

Saimnieciskajā darbībā gūtie ieņēmumi un izdevumi gan skaidrā, gan bezskaidrā naudā, kā arī skaidrās naudas atlikumi kasē un bezskaidrās naudas atlikumi kredītiestāžu (banku) kontos jānošķir no personīgajiem līdzekļiem.

Valsts ieņēmumu dienestā nodokļu maksātāji var saņemt konsultācijas (elektroniski, rakstiski, klātienē un pa tālruni) par nodokļu normatīvo aktu piemērošanu. VID nodokļu maksātājiem, tai skaitā jaunreģistrētiem saimnieciskās darbības veicējiem, organizē arī bezmaksas seminārus.