Ja ir ienākumi gan algotā darbā (iestādē), gan savā mikrouzņēmumā, tad sociālās apdrošināšanas pakalpojumu (pabalstu) apmēru nosaka, ņemot vērā sociālo apdrošināšanu abās ienākumu gūšanas vietās.

Tāpat kā darba ņēmējs, kurš no darba algas maksā vispārējos darbaspēka nodokļus (iedzīvotāju ienākuma nodokli un valsts sociālās apdrošināšanas obligātās iemaksas), arī mikrouzņēmuma (MU) darbinieks ir sociāli apdrošināts (šis nodoklis ietver IIN un sociālās iemaksas).

MU darbiniekam ir tiesības uz visiem tiem pašiem sociālās apdrošināšanas pakalpojumiem, uz kuriem ir tiesības ikvienam darba ņēmējam. Līdz ar to, nosakot tiesības uz pabalstiem, tiks ņemti vērā sociālās apdrošināšanas periodi abos nodokļu maksātāja statusos un pabalstu apmēru veidos iemaksas abās ienākumu vietās. Tās summēsies.

Sociālās apdrošināšanas pabalstus (slimības pabalstu, maternitātes pabalstu u. c.) aprēķina procentos no vidējās apdrošināšanas iemaksu algas, kas ir bruto alga vispārējā nodokļu režīmā.

Savukārt MU maksātājam iemaksas nosaka pēc īpašas formulas un pabalstu apmēru aprēķina atšķirīgi – nevis no algas (jo algai nodokļu nav), bet gan no iemaksu objekta. To nosakot, ņem vērā MU apgrozījumu, darbinieku skaitu, darba algu.

Valsts sociālās apdrošināšanas obligāto iemaksu objektu aprēķina Valsts sociālās apdrošināšanas aģentūra, pamatojoties uz Valsts ieņēmumu dienesta informāciju par mikrouzņēmuma darbiniekiem, mikrouzņēmuma nodokļa ceturkšņa deklarācijām un informāciju par aprēķinātajām iemaksām, mikrouzņēmuma veiktajiem mikrouzņēmumu nodokļa maksājumiem.

Ja mikrouzņēmuma darbinieks ir strādājis ne tikai mikrouzņēmumā un maksājis iedzīvotāju ienākuma nodokli, tad viņš var iesniegt gada ienākumu deklarāciju un piemērot attaisnotos izdevumus par izglītību, iemaksām 3. pensiju līmenī un ziedojumiem: ienākumam, no kura maksāts algas nodoklis. Gada ienākumu deklarācijā netiek uzrādīti ienākumi no mikrouzņēmuma.

Saskaņā ar Mikrouzņēmumu nodokļa likumu mikrouzņēmuma darbinieks ir mikrouzņēmuma īpašnieks.