Tāpat komisijas darba kārtībā iekļauti jautājumi par pierobežu pašvaldību pasažieru pārvadājumu optimizāciju, muitas un citu kompetento iestāžu sadarbību, kopīgu pieeju Lielupes baseina upju apsaimniekošanā un ūdens eitrofikācijas samazināšanā.
Latvijas – Lietuvas starpvaldību komisijas līdzpriekšsēdētājs būs Lietuvas vice-ministrs Arnoldas Abramavičius. Komisijas sastāvā ir abu valstu nozaru ministriju speciālisti, plānošanas reģionu pārstāvji un pašvaldību vadītāji.
Starpvaldību komisijai šis ir jubilejas gads – aprit 25 gadi kopš komisijas izveides. 1999. gada 10. septembrī Paņevežā tika parakstīts Latvijas un Lietuvas valdības līgums par pārrobežu sadarbību. Saskaņā ar šī līguma 5. pantu, tika izveidota Latvijas – Lietuvas Starpvaldību pārrobežu sadarbības komisija, lai veicinātu sociālekonomisko attīstību un kopēju stratēģisko mērķu sasniegšanu, kā arī sekmētu reģionu sadarbību pierobežas teritoriju jautājumu izskatīšanā un sadarbības virzienu noteikšanā.
