Darba gaitas ārlietu dienestā E. Skuja sāka 1993. gadā. Diplomātiskās karjeras laikā E.Skuja ir ieņēmis dažādus vadošus amatus Ārlietu ministrijā. E. Skuja ir bijis Latvijas ārkārtējais un pilnvarotais vēstnieks ANO, EDSO un citās starptautiskajās organizācijās Vīnē, ārkārtējais un pilnvarotais vēstnieks Igaunijas Republikā, Krievijas Federācijā un Austrijas Republikā, kā arī nerezidējošais vēstnieks Šveices Konfederācijā, Slovākijas Republikā un Lihtenšteinas Firstistē. Šobrīd E. Skuja ir Ārlietu ministrijas Drošības politikas un starptautisko organizāciju direkcijas vadītājs.
Latvijas dalībai NATO ir neaizstājama nozīme Latvijas aizsardzības nodrošināšanā un stiprināšanā. E. Skuja uzņemsies vēstnieka pienākumus NATO nozīmīgā laikā, kad alianse turpina stiprināt kolektīvo aizsardzību, tostarp Baltijas reģionā, reaģējot uz drošības vides izmaiņām. Šobrīd sabiedrotie ir sākuši gatavošanos līderu sanāksmei Londonā šā gada 3. un 4. decembrī, kurā tiks atzīmēta alianses 70 gadu jubileja.
