Nolīgums pozitīvi ietekmēs arī Latvijas un Japānas divpusējās attiecības, kā arī pavērs iespējas sadarbības paplašināšanai, piemēram, tādās Latvijas tautsaimniecības attīstībai perspektīvās jomās kā pētniecība, enerģētika un transports, teikts likumprojekta anotācijā.
Nolīgumā ir ietverti ES standarta politiskie jautājumi par cilvēktiesībām, Starptautisko Krimināltiesu, masu iznīcināšanas ieročiem, kājnieku un vieglajiem ieročiem un terorisma apkarošanu. Tas attiecas arī uz sadarbību ekonomikas un finanšu politikā un ietver dialogu jomās, kas saistītas ar muitas, nodokļu, lauksaimniecības un citu nozaru jautājumiem.
Nolīgums paredz sadarbību arī daudzās politikas jomās, piemēram, klimata pārmaiņu, izglītības, nodarbinātības, katastrofu pārvaldības, zivsaimniecības un jūrlietu, tiesu iestāžu sadarbības, nelegāli iegūto līdzekļu legalizācijas, terorisma finansēšanas, organizētās noziedzības un korupcijas, kā arī citās.
Ar nolīgumu paredzēts izveidot Apvienoto komiteju ES un tās dalībvalstu un Japānas vispārējās partnerības koordinēšanai.
Nolīgums veidos visaptverošu un mūsdienīgu tiesisko ietvaru sadarbībai starp ES un Japānu. Līdzšinējais pamats pušu attiecībām bija 1991.gada Kopīgā deklarācija un 2001.gada ES–Japānas Rīcības plāns. Lai jaunais nolīgums stātos spēkā, tas jāapstiprina visās dalībvalstīs, kā arī ES Padomē.
