Ieguldot Eiropas lauksaimniecības fonda lauku attīstībai (ELFLA) finansējumu, ZMNĪ īstenoja valsts un valsts nozīmes meliorācijas sistēmu pārbūvi un atjaunošanu Latvijas Lauku attīstības programmas 2014.-2020. gadam apakšpasākuma “Atbalsts ieguldījumiem lauksaimniecības un mežsaimniecības attīstībā” ietvaros. 2020. gadā ar ELFLA atbalstu īstenoti 24 projekti 5,6 miljonu eiro vērtībā, atjaunojot un pārbūvējot valsts un valsts nozīmes ūdensnotekas 262 km garumā. Kopā 2014.-2020. gada plānošanas periodā ar ELFLA finansējumu īstenoti 184 projekti 31,4 miljonu vērtībā, atjaunojot un pārbūvējot 1656 km ūdensnoteku.
2017. gada 23. un 24. augustā Latvija piedzīvoja spēcīgas lietusgāzes, kas izraisīja plūdus un ārkārtēju situāciju Latgales reģionā, kā arī dažos Vidzemes novados. Lietavas turpinājās arī septembrī un oktobrī, aptverot visu Latvijas teritoriju. 2017. gada vasaras un rudens lietavas un to izraisītie plūdi radīja ievērojamus zaudējumus valsts un pašvaldību infrastruktūras objektiem (ceļiem, dzelzceļam, meliorācijas sistēmām) un lauksaimniecības nozarei. Lai novērstu 2017. gada spēcīgo lietusgāžu un to izraisīto plūdu radītos bojājumus, Latvija pieteicās palīdzības saņemšanai no ES Solidaritātes fonda (ESSF). Ieguldot 12,76 miljonus eiro, ZMNĪ veica 2017. gadā lietavās sagrauto meliorācijas sistēmu un hidrotehnisko būvju atjaunošanu 12,76 miljonu eiro vērtībā, atjaunojot 52 valsts nozīmes ūdensnotekas 266 km garumā un nostiprinot 13 aizsargdambjus 43,90 km garumā.
Zemkopības ministrijai un ZMNĪ realizējot valstij piederošu hidrotehnisko būvju atjaunošanu un pārbūvi, tiek novērsti vai samazināti plūdu riski, lauku apvidos pasargājot no plūdiem iedzīvotājus un viņiem piederošās būves, saimniecības un tehniku, kā arī lauksaimniecības un meža zemes, autoceļus u.c. nozīmīgus infrastruktūras un citus objektus.
