Darba gaitas Ārlietu ministrijā Agnese Kalniņa sāka 2001. gadā. Karjeras laikā viņa strādājusi Juridiskajā departamentā, vadījusi Starptautisko tiesību nodaļu, Stratēģiskās nozīmes preču eksporta kontroles nodaļu un Iekšējās drošības departamentu, kā arī bijusi diplomāte Latvijas vēstniecībā Vašingtonā, ASV.
Viņa ieguvusi sociālo zinātņu maģistra grādu politikas zinātnē un jurista kvalifikāciju Latvijas Universitātē, kā arī papildinājusi profesionālās zināšanas Ženēvas Drošības politikas centrā, Vīnes Diplomātiskajā akadēmijā un Eiropas tiesību akadēmijā Luksemburgā.
A. Kalniņa amatā nomainīs Vilmāru Heniņu, kurš bija Latvijas vēstnieks Ungārijā kopš 2016. gada.
