ZMNĪ ikdienā īsteno tās pārvaldījumā nodoto valsts teritorijas attīstībai stratēģiski svarīgu valsts īpašumu – meliorācijas sistēmu un hidrotehnisko būvju – un meliorācijas kadastra uzturēšanu, nodrošinot lauksaimniecības un mežsaimniecības zemju resursu ekonomiski izdevīgu, videi draudzīgu un sociāli atbildīgu apsaimniekošanu.
Uzturot un atjaunojot valsts nozīmes meliorācijas sistēmas un hidrotehniskās būves, ZMNĪ uzdevums ir nodrošināt ūdens novadīšanas infrastruktūras uzlabošanu, lai mazinātu plūdu ietekmi uz lauku apvidiem, tajā skaitā cilvēka apdzīvotajām teritorijām. ZMNĪ, realizējot valstij piederošu meliorācijas sistēmu un hidrotehnisko būvju atjaunošanu un pārbūvi, novērš vai samazina plūdu riskus, lauku apvidos pasargājot no plūdiem iedzīvotājus un viņiem piederošās būves, saimniecības un tehniku, kā arī lauksaimniecības un meža zemes, autoceļus u.c. dzīvei un ekonomiskajai aktivitāti nozīmīgus infrastruktūras u.tml. objektus.
Viens no ZMNĪ prioritārajiem uzdevumiem ir ES fondu atbalsta finansējuma ieguldīšana valsts nozīmes meliorācijas sistēmu un hidrotehnisko būvju atjaunošanā. Patlaban īpašu uzmanību ZMNĪ velta ES Atveseļošanas fonda investīcijām pasākumā “Investīcijas plūdu risku mazināšanas infrastruktūrā”, veicot valstij piederošu polderu sūkņu staciju pārbūvi, kā arī valsts aizsargdambju un potomālo upju regulēto posmu atjaunošanai. Ar ES Atveseļošanas fonda finansējumu Latvijā jāīsteno 21 projekts visas valsts teritorijā, lai samazinātu lauksaimniecības un meža zemju plūdu riskus.
Šobrīd ZMNĪ arī izstrādā Vidējā termiņa darbības stratēģiju 2025.-2027. gadam.
