Kopš darba uzsākšanas Ārlietu ministrijā 2011. gadā J. Beķeris ieņēmis vadošus amatus Drošības politikas departamentā (2011–2015, 2018–2019) un bijis Ārlietu ministrijas preses sekretārs (2019–2022).
No 2015. līdz 2018. gadam pildīja vēstniecības vadītāja vietnieka pienākumus Latvijas vēstniecībā Turcijā un no 2022. gadam līdz 2026. gadam diplomāts strādājis par vēstniecības vadītāja vietnieku Latvijas vēstniecībā ASV. Pirms iestāšanās diplomātiskajā dienestā strādājis arī Aizsardzības ministrijā (2008–2011), kā arī strādājis par skolotāju un tulkotāju.
“Latvijai ir svarīgi uzturēt labas politiskās un ekonomiskās attiecības ar lielāko demokrātiju un visapdzīvotāko valsti pasaulē. Jānovērtē Indijas pieaugošā loma un jābalstās kopīgajā pārliecībā par starptautisko tiesību ievērošanu,” norāda nākamais vēstnieks Indijā. Par plānotajām darba prioritātēm J. Beķeris saka: “Īstenošu Latvijas nacionālās intereses un izcelšu ekonomisko diplomātiju. Īpaši pievērsīšos mūsu uzņēmēju iespējām izmantot jaunā ES–Indijas brīvās tirdzniecības nolīguma priekšrocības.”
Jānis Beķeris ir ieguvis humanitāro zinātņu maģistra grādu vēsturē Latvijas Universitātē 2011. gadā un sociālo zinātņu bakalaura grādu starptautiskajās attiecībās Starptautiskajā Universitātē Audentes Igaunijā 2008. gadā.
Par sasniegumiem un ieguldījumu valsts attīstībā Jānis Beķeris saņēmis vairākus apbalvojumus, tostarp Atzinības krustu (virsnieka pakāpe, 2020), aizsardzības ministra Goda zīmi (2011) un Zemessardzes komandiera Atzinības rakstu (2009).
Jānis Beķeris amatā nomainīs vēstnieku Juri Boni, kurš Latvijas intereses Indijā pārstāv kopš 2022. gada.
