Dzīvotnes aizsardzībai ir izveidota teritorija ar mežsaimnieciskās darbības aizliegumu un buferzona ar ierobežotu saimniecisko darbību ligzdošanas periodā. Melno stārķu skaits Latvijā ir ievērojami samazinājies, tāpēc katras dzīvotnes aizsardzība ir nozīmīgs ieguldījums šīs retās sugas saglabāšanā. LVM darbinieki katru gadu atrod ap 20 jaunas melno stārķu ligzdas, kuras tiek aizsargātas un iekļautas monitoringa programmā
Aptuveni 80 % no Latvijā zināmajām melno stārķu ligzdošanas vietām atrodas AS „Latvijas valsts meži” apsaimniekotajos mežos. Lai plānotu atbilstošus aizsardzības pasākumus un novērtētu populācijas dinamiku, kas pēdējās desmitgadēs ir negatīva, tiek veikts ligzdu apdzīvotības un ligzdošanas sekmju monitorings. Pērn veiktajā monitoringā stārķu ligzdošana konstatēta 56 ligzdās jeb 49 % no visām stārķu apmeklētajām ligzdām.