Konkursa otrajā kārtā pretendents konkursa komisijai skaidros savu motivāciju ieņemt šo amatu, atbildēs uz 10 jautājumiem par valsts pārvaldes uzbūvi un darbības principiem, budžeta plānošanu, administratīvo procesu iestādē un iestādes darbības jomu, kā arī prezentēs redzējumu par Latvijas Zinātnes padomes kā efektīvas pētniecības institūcijas nostiprināšanos Latvijā, tās prioritātēm un attīstību.
Ja pretendents tiks izvirzīts uz konkursa trešo kārtu, tiks pārbaudītas viņa vadības kompetences: stratēģiskais redzējums, pārmaiņu vadīšana, darbinieku motivēšana un attīstīšana, orientācija uz rezultātu sasniegšanu un orientācija uz attīstību.
Konkursa noslēgumā, ja pretendents tiks atzīts par atbilstošu, to virzīs Ministru kabineta apstiprinājumam.
Konkursa pretendentu vērtēšanas komisiju vada Valsts kancelejas direktors Jānis Citskovskis, tās sastāvā ir: Izglītības un zinātnes ministre Ilga Šuplinska, Izglītības un zinātnes ministrijas valsts sekretāra vietnieks, Augstākās izglītības, zinātnes un inovāciju departamenta direktors Dmitrijs Stepanovs, Latvijas Rektoru padomes priekšsēdētāja Rūta Muktupāvela, Latvijas Jauno zinātnieku apvienības biedrs, Latvijas Universitātes Fizikas un matemātikas fakultātes Fizikas nodaļas vadītājs, pētnieks Guntars Kitenbergs. Tāpat pretendentu vērtēšanā tiks piesaistīti neatkarīgie novērotāji: Latvijas Zinātņu akadēmijas prezidents Ivars Kalviņš un Ekonomikas ministrijas Inovācijas departamenta Inovācijas politika nodaļas vadītāja vietnieks Mārtiņš Jansons.
