K. Čakste bija 1943. gadā dibinātās nacionālās pretestības kustības — Latvijas Centrāls padomes — vadītājs un viens no memoranda, kas prasīja demokrātiskas Latvijas valsts atjaunošanu, 188 parakstītājiem. 1944. gadā vācu slepenā policija Gestapo viņu apcietināja, ieslodzīja Rīgas Centrālcietumā un vēlāk Salaspils koncentrācijas nometnē. Nacistiem atkāpjoties un likvidējot nometni, ieslodzītos pārveda uz vācu okupēto Polijas teritoriju ar kuģi, bet tālāk dzina ar kājām. Pārgājiena laikā 1945. gada 21. februārī K.Čakste mira.
Bijušais ārlietu ministrs Ludvigs Sēja atmiņās par K.Čakstes dzīves pēdējiem brīžiem min, ka netālu no Ganca sādžas “...Čakste ļoti nonīcis no ceļa, bada un visām citām grūtībām, bija saslimis ar tīfu un pēc īsas slimošanas nomiris... Kapā Čakstes draugi bija ielikuši pudeli ar Čakstes vārdu, cerībā, ka kādreiz izdosies viņa kaulus pārvest uz Latviju.” Pretošanās kustības līdera mirstīgā atliekas nav pārvestas uz Latviju, tomēr viņa kapu Latvijas valsts amatpersonas un sabiedrisko organizāciju pārstāvji laiku pa laikam apmeklē.
Latvijas Okupācijas muzeja darbinieki apmainīsies ar profesionālo pieredzi ar kolēģiem partizānu muzejā Ostrolicē, II Pasaules kara muzejā Gdaņskā un Štuthofas koncentrācijas nometnē.